由此構成的蛋白多糖聚合體曲折盤繞，形成多微孔的篩狀結構，稱為分子篩。分子篩只允許小于其微分子篩孔的物質通過，對大于其微孔的大分子物質、細菌等則具有屏障作用。使基質成為限制細菌等有害物質擴散的防御屏障。溶血性鏈球菌和癌細胞等能產(chǎn)生透明質酸酶，分解蛋白多糖，破壞基質結構，得以擴散。蛋白多糖聚合體上還結合著許多親水基團，能結合大量水分子，形成細胞外“儲水庫”。